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Um instrumento importante da política de reinvestimento na investigação foi a introdução da formação pós-graduada, com a criação na década de 80 de cursos de mestrado com um forte conteúdo científico. O segundo foi a constituição, no mesmo período, dos centros que ainda hoje estruturam as atividades de formação avançada e de investigação e desenvolvimento do departamento, os quais obtiveram as melhores classificações nos seus domínios de atividade em todas as avaliações das unidades de investigação portuguesas (Centros de Investigação).
O departamento participou na criação do primeiro curso de mestrado inter-escolas em Portugal, o curso de mestrado em Planeamento Regional e Urbano, criado em Setembro de 1982, e promoveu os primeiros cursos de mestrado em Engenharia de Estruturas (1980), Investigação Operacional e Engenharia de Sistemas (1981) e em Hidráulica e Recursos Hídricos (1982/83). Os cursos de mestrado apoiaram inicialmente a formação de jovens docentes e investigadores, do IST e doutras instituições de ensino e de investigação, e foram progressivamente reorientados para proporcionar qualificação técnica avançada. Essas iniciativas desenvolveram-se com um sucesso que justificou o envolvimento do departamento em oito outros cursos de mestrado: Construção (1987), Transportes (1987), Sistemas de Informação Geográfica (1995), Logística (1999), Urbanística e Gestão do Território (1991), Geotecnia para Engenharia Civil (2002), Recuperação e Conservação do Património Construído (2004) e Construção Metálica e Mista (2005).
É através de cinco desses cursos que o departamento atribui atualmente os diplomas de formação avançada (DFA): Construção, Engenharia de Estruturas, Geotecnia para Engenharia Civil, Recuperação e Conservação do Património Construído, Hidráulica e Recursos Hídricos, Gestão e Tecnologias de Águas e Resíduos, Transportes, Sistemas de Informação Geográfica e Logística. Servem também de apoio aos cursos de doutoramento, para a atribuição de diplomas de estudo avançado (DEA), complementado a formação com o reforço do conteúdo científico das disciplinas oferecidas.
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